Arrêts maladie longs : trois ans d’indemnisation ramenés à un an, la mesure écartée du Parlement revient par décret

Un arrêt de travail de longue durée lié à une affection qui ne figure pas sur la liste des maladies donnant droit à une prise en charge à 100 % pouvait être indemnisé jusqu’à trois ans. Deux décrets publiés au Journal officiel du 18 septembre 2026 ramènent cette durée maximale à un an, pour les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026. La mesure avait été prévue dans le projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, puis retirée du texte au cours de l’examen parlementaire.

Le changement ne porte ni sur le montant de l’indemnité journalière, ni sur la durée d’arrêt que le médecin peut prescrire : il porte sur la période pendant laquelle l’assurance maladie verse cette indemnité. Il ne concerne que les affections de longue durée dites « non exonérantes », c’est-à-dire celles qui laissent les soins remboursés aux taux habituels. Les affections exonérantes, comme les cancers ou les diabètes, conservent trois ans.

Ce que les deux décrets changent

Le premier texte, le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, fixe « à un an » la durée maximale d’indemnisation dérogatoire des assurés sociaux du régime général, des salariés du régime agricole et des clercs et employés de notaire. Le second, le décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026, étend la même règle aux travailleurs indépendants, aux ministres des cultes, aux fonctionnaires de l’État et aux magistrats. Les deux textes ont été publiés au Journal officiel du 18 septembre 2026, sous l’intitulé commun de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail et de la sanction des abus.

La règle s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026. Elle vise aussi les arrêts en cours à cette date lorsqu’ils atteignent six mois après le 15 octobre. Un assuré déjà reconnu en affection de longue durée non exonérante avant cette date conserve les trois ans acquis, jusqu’à leur terme.

Trois éléments ne bougent pas. Le plafond de droit commun reste de 360 indemnités journalières sur trois ans pour l’ensemble des arrêts maladie. Les affections de longue durée exonérantes, définies par une liste fixée après avis de la Haute Autorité de santé, gardent leur durée de trois ans. Et le décret n’encadre que le versement de l’indemnité : la prescription d’un arrêt de travail par un médecin reste régie par les règles issues de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, qui plafonnent la première prescription à 31 jours et la prolongation à 62 jours depuis le 1^er septembre 2026, avec la possibilité pour le praticien d’y déroger en le justifiant.

Qui relève d’une affection de longue durée non exonérante

L’assurance maladie définit cette situation par un arrêt de travail ou des soins d’une durée prévisible supérieure à six mois, sans ouverture du droit à la suppression du ticket modérateur. Les soins restent remboursés aux taux habituels ; seule l’indemnisation prolongée au-delà du sixième mois est concernée, dans le cadre de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du code de la sécurité sociale. L’Assurance maladie cite deux exemples : une fracture de l’épaule compliquée par une infection, ou un syndrome dépressif réactionnel après le décès d’un conjoint.

Selon l’Assurance maladie, la dépression légère représente 33 % de ces situations et les troubles musculo-squelettiques 32 %. En 2023, ces arrêts dérogatoires ont représenté 3,2 milliards d’euros pour 400 000 cas, selon les chiffres du ministère de la Santé cités par L’Indépendant le 27 septembre 2026. Leur coût progresse de plus de 6 % par an, contre environ 1 % par an pour les affections exonérantes.

Le raisonnement du gouvernement repose sur un autre chiffre, plus large. Devant l’Assemblée nationale le 1^er avril 2026, la ministre de la Santé a décrit une dépense d’arrêts de travail atteignant « presque 20 milliards d’euros », soit 16 % des dépenses de médecine de ville, avec une progression d’« un milliard tous les ans depuis cinq ans ». Ces deux montants ne mesurent pas la même chose : les 3,2 milliards d’euros correspondent aux seuls arrêts dérogatoires liés à une affection non exonérante, quand les 20 milliards couvrent l’ensemble des indemnités journalières maladie versées. Les deux séries sont des constats administratifs, non des évaluations d’efficacité de la mesure adoptée.

Une disposition écartée lors de l’examen parlementaire

La chronologie éclaire la portée des deux décrets. Le projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 prévoyait de ramener le plafond d’indemnisation des affections de longue durée non exonérantes de 1 095 jours sur trois ans à 360 jours sur trois ans, c’est-à-dire au niveau du droit commun. La notice officielle de la loi promulguée le 30 décembre 2025, publiée par Vie publique, indique que cette disposition a été « supprimée par les parlementaires » lors de l’examen du texte ; le compte rendu de franceinfo précise que la suppression est le fait de l’Assemblée nationale. Le plafonnement de la durée des arrêts ordinaires, lui, a bien été adopté par la voie législative.

Neuf mois plus tard, l’effet visé est obtenu par voie réglementaire. Un an d’indemnisation à compter de la date de prescription revient, en pratique, à verser au plus près de 360 indemnités journalières sur la période, soit le plafond de droit commun. « Avec 1 an compté de date à date, l’ALD non exonérante n’ouvre presque plus que ces 360 indemnités : sa dérogation disparaît quasiment », relève le comparateur Selectra dans son analyse des deux décrets.

Le cabinet de la ministre de la Santé, Stéphanie Rist, table sur « plusieurs centaines de millions d’euros » d’économies, selon L’Indépendant, sans qu’aucun chiffrage détaillé de ces économies n’ait été rendu public. C’est une déclaration, non un résultat constaté. Le gouvernement justifie par ailleurs la réduction par la lutte contre les abus, argument déjà mis en avant au moment des décrets d’août sur le partage des frais entre l’assurance maladie et les complémentaires santé.

Ce que la mesure retire aux assurés

L’indemnité journalière est plafonnée à 42,97 euros bruts par jour pour un salarié du régime général. Deux années de versements supprimées représentent, à ce plafond et à raison de 365 indemnités par an, une perte de l’ordre de 31 000 euros bruts. C’est une estimation de calcul d’ordre de grandeur, présentée comme telle par L’Indépendant, et non un montant notifié à un assuré donné : l’indemnité réelle dépend du salaire antérieur, de la carence éventuelle et du régime d’affiliation.

À l’issue de la première année, trois issues sont possibles : la reprise du travail, la reconnaissance d’une invalidité, ou la fin des indemnités sans relais. Une pension d’invalidité ou un contrat de prévoyance souscrit par l’entreprise peuvent prendre la suite, mais rien ne bascule automatiquement : il faut remplir les conditions de chacun de ces dispositifs, et tous les salariés n’en disposent pas.

Une sanction pour les arrêts obtenus abusivement

Le même ensemble de textes instaure une sanction à l’encontre des assurés qui cherchent à obtenir abusivement un arrêt de travail. La pénalité est prononcée par la caisse d’assurance maladie sur le fondement de l’article L. 114-17-1 du code de la sécurité sociale, après un échange préalable avec l’assuré, dans le cadre de la lutte contre le nomadisme médical. Cette partie est en vigueur depuis le 19 septembre 2026, soit le lendemain de la publication des deux décrets.

Sur le plan budgétaire, la ministre de la Santé a annoncé devant l’Assemblée nationale, le 1^er avril 2026, que l’Assurance maladie avait détecté et stoppé 723 millions d’euros de fraudes en 2025, dont 49 millions d’euros portant sur les arrêts de travail, en hausse de 15 % sur un an. Ces montants mesurent des irrégularités détectées et des sommes bloquées ou récupérées. Ils n’établissent pas que le coût des arrêts dérogatoires de longue durée résulte de pratiques abusives, qui ne font l’objet d’aucun chiffrage public dans les documents consultés.

Ce que ces textes ne disent pas

Quatre limites doivent être signalées. La date d’application retenue ici, le 15 octobre 2026, est celle que rapportent les analyses juridiques des deux décrets ; une reprise de presse économique annonce de son côté le 1^er octobre, écart qui n’a pas pu être tranché sans accès au texte consolidé sur le site officiel, qui refuse les consultations automatisées. Le nombre d’assurés dont la durée d’indemnisation sera effectivement écourtée n’est publié nulle part : les 400 000 cas de 2023 mesurent l’ensemble des arrêts dérogatoires, pas la population qui franchira le seuil d’un an. Le montant des économies attendues n’est pas chiffré publiquement. Enfin, la mesure ne réduit ni la durée d’arrêt prescrite, ni le droit aux soins, ni le taux de remboursement des soins liés à l’affection, qui restent au niveau habituel : les effets à documenter portent sur le revenu de remplacement et sur le basculement éventuel vers l’invalidité ou la prévoyance.

À retenir

• Deux décrets du 16 septembre 2026, publiés au Journal officiel du 18 septembre, ramènent de trois ans à un an la durée maximale d’indemnisation dérogatoire des arrêts de travail liés à une affection de longue durée non exonérante.
• La règle s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et aux arrêts en cours atteignant six mois après cette date ; une affection déjà reconnue avant le 15 octobre conserve les trois ans en cours.
• Le plafond de droit commun de 360 indemnités journalières sur trois ans, les affections exonérantes (cancers, diabètes) et la durée d’arrêt prescrite par le médecin ne sont pas modifiés.
• La baisse du plafond pour ces affections figurait dans le projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 et a été supprimée lors de l’examen parlementaire ; l’effet est aujourd’hui obtenu par voie réglementaire.
• Ces arrêts représentaient 3,2 milliards d’euros pour 400 000 cas en 2023 ; le cabinet de la ministre de la Santé évoque « plusieurs centaines de millions d’euros » d’économies, sans chiffrage public détaillé, tandis que la perte pour un assuré indemnisé au plafond est estimée à environ 31 000 euros bruts sur les deux années retirées.

Question aux lecteurs

Le désaccord ne porte pas sur l’existence de la mesure, mais sur la manière de trancher un arbitrage entre la maîtrise d’une dépense qui progresse vite et la protection des personnes en arrêt long. Trois réponses sont proposées ci-dessous. Ce sondage n’a aucune valeur représentative et ne prétend pas mesurer l’opinion des Français.

Pour aller plus loin

• Assurance maladie, « Prescrire un arrêt de travail : les situations particulières » : règles de l’affection de longue durée non exonérante, indemnisation au-delà du sixième mois et protocole de soins.
• Assurance maladie, dossier « Les affections de longue durée » : différence entre affection exonérante et non exonérante, conditions de prise en charge.
• Vie publique (DILA), « Loi du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026 » : contenu de la loi promulguée et dispositions prévues puis supprimées par les parlementaires.
• LegalPlace, « Arrêts de travail longs : ce qui change avec le décret du 16 septembre 2026 » : périmètre du décret n° 2026-866, situations distinguées et sanction entrée en vigueur le 19 septembre.
• Selectra, « Arrêt maladie : vos indemnités réduites de 3 ans à 1 an dès le 15 octobre » : catégories visées, cas des arrêts en cours et comparaison avec le plafond de droit commun.
• L’Indépendant, 27 septembre 2026 : chiffres du ministère de la Santé, estimation de la perte pour un assuré et rappel de l’origine parlementaire de la mesure.
• Éditions Tissot, 21 septembre 2026 : date d’effet de la nouvelle durée et sanction en cas d’abus.
• Le Figaro, 1^er avril 2026 : 723 millions d’euros de fraudes détectées et stoppées en 2025, dont 49 millions d’euros sur les arrêts de travail, et constat ministériel sur la croissance de la dépense.

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